Das Forum Nachhaltiger Kakao ist ein eingetragener Verein (e.V.). Die Aktivitäten werden durch die Mitgliederversammlung und den Vorstand koordiniert und gesteuert. Der Vorstand setzt sich aus jeweils zwei Vertretern der vier Akteursgruppen zusammen. Die Vorstandsmitglieder werden von den Mitgliedern in der Mitgliederversammlung gewählt. Weiteres regelt die Satzung.

Die Arbeitsgruppen beraten den Vorstand bei Fragen der inhaltlichen Ausgestaltung. Die Arbeitsgruppen bestehen aus ehrenamtlich tätigen Vertretern der Mitglieder. Vorstand und Arbeitsgruppen kommen regelmäßig zu Sitzungen zusammen. Ein Mal jährlich findet eine Mitgliederversammlung statt.

Die Koordination des Forum Nachhaltiger Kakao erfolgt über die Geschäftsstelle. Die Geschäftsstelle ist bei der Deutschen Gesellschaft für Internationale Zusammenarbeit (GIZ) GmbH angesiedelt.

Die Vereinsgründung erfolgte im April 2014. Vereinssitz ist Berlin.